Apesar de las serias dificultades, los franciscanos descalzos se instalaron en la ermita de San Luis de Priego en mayo de 1662. Antes de los dos años, en enero de 1664, se trasladan a la iglesia de San Pedro.

Después se inició la reforma de la antigua ermita colocando la primera piedra el padre franciscano descalzo, Francisco Morales, guardián del convento el día 20 de mayo, asistiendo a la inauguración el cabildo eclesiástico y secular. Durante el curso de las obras ayudó económicamente el licenciado don Juan Bautista de Cabra, presbítero, donando 3.000 ducados para la fábrica del convento, y prosiguió dando dinero hasta la terminación. Agradecida, la Provincia a estos favores, le concedió el Patronato del convento de San Pedro.
El 18 de mayo del año 1690 se concluyó todo el edificio, se trasladó el Santísimo Sacramento al altar mayor y hubo seis días de fiesta muy solemnes para agradecer la conclusión de lo que había costado tanto esfuerzo (1).
Aquí estuvieron los frailes hasta el proceso desamortizador del siglo XIX que se realizó en el año 1835. Con ello, fenecían 171 años, cuando por primera vez, los franciscanos pisaron oficialmente la ermita para convertirla en un convento de frailes (2).
Después de unos años cerrados, tanto el ex convento como la iglesia de San Pedro fueron cedidos por el ministerio de Hacienda al Ayuntamiento de Priego para que lo usare como cárcel pública, como así consta en el siguiente oficio:
“JUZGADO DE PRIMERA INSTANCIA. PARTIDO DE PRIEGO. 
Por el Superior Tribunal Territorial de Sevilla, se ha comunicado a este Juzgado con fecha cuatro del corriente agosto la Real Orden que sigue. Por el Excmo. Sr. Secretario de Estado y del Despacho de Gracia y Justicia se ha comunicado a este Tribunal con fecha 24 de julio último la Real Orden que sigue: Por el Ministerio de Hacienda se ha dirigido a éste de Gracia y Justicia con fecha 22 del actual la Real Orden siguiente: El Señor Ministro de Hacienda dice en este día al Presidente de la Junta Superior de Enajenación de Edificios y efectos de Conventos suprimidos lo que sigue: S.M. la Reina Gobernadora ha tenido a bien acceder a una instancia del Ayuntamiento de Priego, provincia de Córdoba, en la cual solicita se le conceda el edificio que fue convento de San Pedro Apóstol de la misma villa para dedicarlo a cárcel pública.
Lo que traslado a V. S de Real Orden comunicado por el Sr. Ministro de Gracia y Justicia para su inteligencia y efectos correspondientes.
Lo que traslado a V. para su inteligencia y fines consiguientes.
Dios guarde a V. muchos años.
Priego, 12 de agosto de 1840. José María Serrano.
Señor Alcalde Primero Constitucional Presidente del I. Ayuntamiento Constitucional de esta Villa.”
Conscientes de la importancia de esta cesión que tan bien les venía a sus necesidades, en el primer Cabildo se acuerda unir el original de la Real Orden antes transcrita, al libro de actas para evitar su pérdida. Y así se ha conservado hasta el día de hoy.
Bien pronto el Ayuntamiento usó la iglesia como capilla y el convento para diversos usos, además de prisión, motivo de su solicitud y posterior cesión. Así en los años centrales del siglo XIX se hacía un completo uso del edificio como cuartel de la Guardia Civil, Juzgado Municipal, algunas escuelas, sede del Ayuntamiento y de las cofradías del Sagrado Corazón y del Santo Entierro de Cristo y Soledad de María Santísima.
Haciendo uso de su propiedad el Ayuntamiento cede en 1860 unas habitaciones a la cofradía de la Soledad para que celebraran sus reuniones, oficina y almacén "a condición de que sirva además a la Municipalidad de puente de reunión y desahogo en las ocasiones en que asiste a la Festividad de la Purísima, Santo Entierro y cualesquiera otras que tengan lugar en la iglesia de San Pedro Apóstol, en la actualidad oratorio suyo. Entendiéndose esta concesión mientras no se construyan las cárceles y casas capitulares para cuyo fin le fue otorgada la expresada iglesia y convento por el Gobierno de Su Majestad".
A finales del siglo XIX el templo amenazaba ruina. Debido a unos fuertes temporales se derrumba la capilla de la Soledad. De esta forma explicaban los cofrades por el año 1898, lo que había sucedido para solicitar una ayuda: "Hace año y medio cuando el hermoso templo de San Pedro amenazaba convertirse en un montón de ruinas, se acudió a la caridad de la fe y a pesar de ser un año si no calamitoso, sí de escasas cosechas, y éstas de muy mala calidad, acudieron los fieles sin distinción de clases con su óbolo y el templo se salvó con la riqueza de esculturas y pinturas que atesora en su seno y volvieron a su antigua casa digámoslo así la Virgen de la Soledad y el Santo Sepulcro que tantos años hacía estaban en la parroquia". La capilla que se levanta ahora es en estilo neoclásico, tal como se conserva.
Durante el siglo XX el Ayuntamiento va dejando poco a poco la gestión de la iglesia a la cofradía de la Soledad que será la encargada de hacer importantes obras como la colocación del pavimento.
Con motivo del IV Centenario del Descubrimiento de América y por conservarse en la iglesia el sepulcro del virrey José Manso de Velasco, la Junta de Andalucía en 1992 sufragó la reforma integral del edificio, invirtiendo más de cien millones de pesetas, dejando el templo totalmente nuevo.
La iglesia fue un proyecto de Francisco Hurtado y realización de los hermanos Sánchez de Rueda. Junto a ella se construye el convento, donde actualmente se levanta la Plaza Municipal de Abastos. Tiene planta de cruz latina cubierta con bóvedas de medio cañón en la que se sitúan ventanas. El crucero se construye con cúpula de media naranja sobre pechinas. Aquí aparecen por primera vez la decoración de yeserías con motivos de hojarasca del barroco prieguense. En el siglo XVIII se realizan una serie de reformas que le confieren el aspecto actual.
El retablo mayor fue encargado a los hermanos Sánchez de Rueda en 1701 que también realizan los colaterales de San José y San Francisco de Asís quienes reproducen el mismo esquema del retablo mayor.
El camarín de la Inmaculada, terminado en 1739, fue comenzado por Jerónimo Sánchez de Rueda, y terminado por Juan de Dios Santaella, su discípu-lo.
El retablo rococó de la capilla de la Soledad se atribuye a Francisco Javier Pedrajas.
La portada de piedra es atribuida a Juan de Dios Santaella y costeada por Juan de Codes en 1785, cobijando en su hornacina superior un San Francisco de Asís tallado en piedra y policromado.
Posee el templo una rica imaginería de José de Mora, Juan Fernández de Lara y del círculo de Pablo de Rojas y además de una rica colección de pin-turas de la escuela granadina (3).
Resumen:  Iglesia del ex convento de franciscanos descalzos. Desamortizada en 1835. Cedida al Ayuntamiento en 1840 por el ministerio de Hacienda.Fue inmatriculada por la diócesis de Córdoba el 4 de mayo de 2006, sin que el Ayuntamiento, su legal dueño, levantara la voz.

NOTAS:
(1)MONTALVO, fray Juan: Crónica de la provincia de San Pedro Alcántara de religiosos menores descalzos de la más estrecha observancia de N.P.S. Francisco en los reinos de Granada y Murcia. Libro III, Capítulo III. (Granada, 1708).
(2)El inventario completo se puede ver en nuestra titulada: “Inventarios Históricos y Actuales del ex convento e iglesia de San Pedro Apóstol y de la Real Cofradía del Santo Entierro de Cristo y María Santísima de la Soledad de Priego de Córdoba. (1701-1993)”.
(3)Este tema está ampliamente tratado en nuestro libro Soledad en todos Historia de la Real Cofradía del Santo Entierro de Cristo y María Santísima de la Soledad. Priego de Córdoba, 1994.