La institución se inicia en 1637 cuando Juan Herrera y Aranda dona sus bienes para la fundación de un hospital bajo la advocación de San Onofre, siendo primer patrono fray Justiniano Sánchez que renunciaría a favor del duque de Feria y marqués de Priego quien agregó otro hospital que existía anteriormente llamado de la Caridad. Si finalidad era la asistencia de enfermos pobres naturales de la villa de Priego.

En un principio, el hospital contaba con camas para hombres y mujeres, servicios religiosos y enfermeras. Más tarde se encargan los Hermanos de la Orden de San Juan de Dios, hasta la desaparición de esta orden hospitalaria y la desamortización de sus bienes. Al hacerse cargo la comunidad de religiosos de San Juan de Dios, toma el actual nombre.
Después de la desamortización, el patrón del hospital desde 1836 es el Ayuntamiento de Priego hasta el 11 de enero de 1883 cuando la organización, orden y cuidado de los enfermos pasó a manos de las Madres de la Caridad de Nuestra Señora de las Mercedes, fecha en la que se otorga escritura de convenio y obligación entre el Teniente de Alcalde D. Francisco de Paula Martínez y D. Juan Nepomuceno Zegrí, fundador de la Conferencia de Nuestra Señora de las Mercedes. En dicha escritura se encarga a seis madres mercedarias la asistencia a los enfermos, por lo que recibían la cantidad de 2.500 pesetas anuales.
En 1900 se reclasifica el Hospital como Civil y Beneficencia particular de San Juan de Dios y se le otorga un reglamento aprobado por R.O. de 20 de agosto de dicho año. Por dicho reglamento, la directiva del Hospital recae en una Junta de Patronos, compuesta por el arcipreste, cura de la parroquia, coadjutor más antiguo, los dos tenientes hermanos mayores de la Hermandad de la Caridad y de los tres mayores contribuyentes de territorial de Priego propuestos por la Junta de Beneficencia. Entre sus propiedades contaba con la finca llamada “Buenavista" en el término de Estepa, “Las Chozas” y los “Alcalaes” en Priego, además de dos huertas y Deuda Perpetua con un capital nominal de 452.000, procedente de fincas desamortizadas.
En 1935 se procede a la firma de un contrato entre Hospital y Ayuntamiento para la instauración de una Casa de Socorro.
En la posguerra se recogió una veintena de niños pobres en régimen de internado.
En 1947 dieron comienzo unas importantes obras de remodelación del hospital que terminaron en 1954. Más tarde se firma un convenio para efectuar servicio de maternidad. En 1984 se cancela el concierto con el INSALUD, relativo a servicio de maternidad hospitalario, debido a la falta de demanda de este servicio.
Desde esa fecha, la actividad de las Hermanas se encauza hacia el cuidado de jubilados en las instalaciones hospitalarias reconvertidas en habitaciones de residencia. Los principales ingresos, provienen de la aportación de los 28 residentes que hoy ocupan el Hospital, de la subvención otorgada por la Excma. Diputación por residentes que no reciben pensión alguna y por último de las rentas de las fincas patrimonio de la institución.
En años posteriores los patronos, presididos por el arcipreste de la Asunción, Pedro Crespo Hidalgo, rescindieron el contrato con las Mercedarias, y modificaron los estatutos en varias ocasiones, dejando como actividad principal la residencia de ancianos.
La última reforma estatutaria tuvo lugar en 12 de septiembre de 2013. Tomó el nombre de Fundación Hospital de San Juan de Dios de Priego y como fin “se ocupa principalmente en la atención a las personas mayores que soliciten su ingreso en la denominada Residencia de San Juan Dios, prioritariamente procedentes de Priego de Córdoba y comarca”, entre otros objetivos de índole social.
La composición de la junta directiva consta por un mínimo de seis patronos que ejercerán los cargos sin remuneración,  son el párroco de Ntra. de la Asunción, el vicario parroquial de Ntra. Sra. la Asunción, y cuatro vecinos, como mínimo, de Priego de Córdoba, mayores de edad, que vivan el espíritu de la Fundación que serán elegidos por el resto de Patronos, total o parcialmente, pudiendo ser reelegidos. (1)
Con esto, el párroco se hacía con todo el poder al nombrar a los componentes de la junta directiva y no de oficio como en los primitivos estatutos. De esta forma tendría siempre el voto asegurado para cualquier proyecto. Mandaría siempre sin una voz en contra. Salen las monjas y escritura el hospital a nombre del Patronato que él controla en su totalidad. Lo que había sido gestión municipal pasa a otras manos. El edificio tiene una superficie construida de casi tres mil metros cuadrados en el centro de la población.
Resumen. Fundación privada desde 1637. Regentada más tarde por la Orden de los Hermanos de San Juan de Dios. Edificio desamortizado en 1835. Desde 1836 es cedido al Ayuntamiento que es el encargado de administrar edificio, hospital y  ermita adyacente. En 1883 se encargan las madres Merceda-rias. Debido a diferentes problemas de financiación y políticos, en 1900 el Ayuntamiento crea una Patronato cuya presidencia se la cede al Arcipreste de la Parroquia de la Asunción. En años recientes se cambian los estatutos, obje-tivos y junta que de ser de oficio pasa a estar designada por el presidente con lo que consigue una junta completamente a sus órdenes.
En 2004 este Patronato mediante expediente de dominio registra a su nombre el edificio, excepto la iglesia adosada a él. Lo que el Ayuntamiento ce-dió en uso al Patronato, pasa a ser propiedad de éste.

(1) En este momento el Patronato de la Fundación está compuesto por los siguientes miembros: Antonio Aguilera Ruiz (vocal); Antonio Aguilera Aguilera (vocal); Pedro Crespo Hidalgo (presidente, con apoderamiento ante notario): Emilio Díaz Oria (administrador); José María González Falcón (vicesecretario); José Gutiérrez Calderón (secretario): Francis-co Moreno Pozo (vicepresidente); y Antonio Ortega Sánchez (vocal).